農村污水處理設施運維水平低
（1）缺乏運維資金和管理制度，重建輕操作。由于缺乏運維資金和有效的運行管理評估體系，缺乏監督，污水處理設施的實施、管理效果、水質檢測和排放缺乏有效的評估手段，部分污水處理設施閑置或運行異常。
（2）缺乏操作和維護技術和人才。目前，農村生活污水處理設施缺乏操作技術，管理人員主要是當地村民，缺乏環保知識和設備操作管理技能，只能負責設備的日常護理，難以勝任專業水平的系統維護，導致污水處理效果和水質不合格。
農村污水處理、建設和運營成本:投資和運營成本高，每噸水電消耗高
根據生態環境部發布的《農村生活污水處理項目建設和投資指南》，由于水量較小，在相同情況下，農村污水的噸水投資和用電量略高于市政污水處理廠。然而，生態處理技術的選擇可以降低成本。
商業模式需要創新：多種模式并舉，政府、社會資本方、村民三方積極參與，解決投入
建立地方政府債務融資機制，促進地方融資平臺轉型和市場融資，規范和促進政府與社會資本合作（PPP）通過特許經營等方式吸引社會資本參與農村污水處理項目，通過績效考核支付運營費用可大大提高治理效果。
加快農村污水處理設施產權制度改革�？h級人民政府或者其授權部門應當按照國家有關規定確定大型農村集中供水基礎設施的產權所有權；以政府投資為主，建設小型農村供水基礎